超滤膜的清洗，又可分为物理清洗法和化学清洗法两种。

　　一、物理清洗法：
在这方面用的多普遍的就是水力冲洗法。工业设备清洗厂家物体表面受到物理、化学或生物的作用而形成的污染层或覆盖层称作污垢，去除这些污染物或覆盖层而使其恢复原表面状况的过程称为清洗。它又可因水力冲洗方向的不同，分为逆向冲洗、反冲洗和正洗冲洗。
逆向冲洗：
用原水冲洗膜内和进水端面的杂质。
反冲洗：
用超滤水从膜块表面的污染物冲松散、剥落，分别从进水口和浓缩口排出（可加酸、碱或次氯酸钠(Sodium)等药品加强清洗效果）。
正洗冲洗：
用原水冲洗膜内和端面的杂质，按运行状态将超滤膜清洗干净。

　　二、化学清洗法：
根据膜表面污染物质的种类，选择适当的化学药品与之进行溶解、氧(Oxygen)化或其他化学反应(Chemical reaction)达到去除的目的。常用的化学药品的选择必须根据膜材料的性质选择，如酸类、碱类、氧化剂、杀菌剂(成分:无机化合物)、表面活性剂以及加酶洗涤(washing)剂等。进行方法与正常超滤过程相同，清洗液自原液入口处进入，浓缩液及超滤液全部返回清洗液容器，循环后排放，以净水洗净即可。
酸性清洗剂常用的有0.N盐酸(HCl)溶液，0.M草酸(化学式:H2C2O4) 溶液，～3%柠檬酸、柠檬酸胺、EDTA等。这类清洗剂在去除钙（Ca)离子、镁离子、氟(fluorine)离子等金属离子(metal ion)及其氢(Hydrogen)氧化（oxidation)物，无机盐凝胶(gelate)层是较为有效的。
碱性清洗剂主要是0.～0.5%的NaOH水溶液。工业设备清洗厂家物体表面受到物理、化学或生物的作用而形成的污染层或覆盖层称作污垢，去除这些污染物或覆盖层而使其恢复原表面状况的过程称为清洗。它对去除蛋白质，油脂类的污染具有良好的效果。
氧化（oxidation)性清洗剂如～.5%双氧水(aquae hydrogenii dioxidi)、0.5～%NaOC
　　
　　L、0.05～0.%叠氮酸钠等，对去除有机物质的污染有显著效果。
生物酶(Enzyme)制剂如%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，对去除蛋白质(protein)、多糖、油脂类的污染是有效的。对去除有机物污染也有一定效果。应用酶清洗剂时，如能在55～60℃下进行清洗效果更佳。清洗时间的长短与酶浓度的高低有关。
超滤膜在特定条件下采用化学清洗方法虽是必要，但使用时须慎重。化工设备清洗许多的水处理设备、设施（如冷却水塔、冷水机组、水池等），长期运行后。都需要得到有效的清洗。清洗的目的是除去其系统中的污垢、腐蚀产物、微生物及其衍生物等，提高系统的工作效率。要避免化学清洗剂破坏膜的分离性能；不能使污染物发生变形，加重膜的污染；不应破坏污染物的胶体性质，使它变硬僵化。在食品工业，医药工业生产(Produce)中，不能让清洗剂的残留物影响产品质量等。